Konec staré éry (1989 - 1999)
Politické změny roku 1989 zasáhly i do hokejových sfér a klubový název TJ Gottwaldov se stal minulostí. Mužstvo tak bojovalo v sezóně pod hlavičkou TJ Zlín a po základní části okupovalo 6. místo. V play-off se mu ovšem, jako již v posledních letech tradičně, nedařilo a opět si neporadilo s pozdějším finalistou, Duklou Trenčín. O rok později klub zasáhl jev pro dnešní dobu více než typický, a to další změna názvu. Nejprve se objevil tým SK Zlín, aby do nové sezóny vstoupil klub pod novým jménem - AC ZPS Zlín. Do play-off se dostaly jen první čtyři celky, a tak se Zlín musel spokojit se 7. místem. V roce 1991 přišla další novinka - rozdělení ligy na dvě skupiny. Zlínský tým obsadil v relativně slabší, východní skupině, 4. místo a v play-off se potkal s pražskou Spartou. Dokázal konečně vyhrát alespoň jedno utkání vyřazovacích bojů, ale nakonec podlehl 1:3. V sezóně 1992/93 postupovalo do play-off 12 celků a týmu AC ZPS Zlin se poprvé podařilo přejít přes první kolo. Klub se slavnou minulosti Dukla Jihlava mu podlehl 2:3 na zápasy, ve čtvrtfinále se ale o vyřazení Zlína postarala pražská Sparta. Tento ročník 1. ligy byl posledním, kdy mohly české a moravské týmy změřit síly se soupeři ze Slovenska. Rozdělení ČSFR totiž znamenalo i rozdělení hokejové soutěže.
A do prvního ročníku extraligy vstoupil AC ZPS Zlín úspěšně a základní část dokončil na 4. místě, v play-off se však opět projevil "sparťanský komplex" a tým z Holešovic vyprovodil Berany po dvou těsných výhrách i výsledkem 10:0. Zajímavé je, že se ve finále potkal 7. a 6. tým po základní části a první extraligový titul překvapivě získali hráči Olomouce.